説明
Robettaは、Baker Labによって開発された高度なタンパク質構造予測サービスであり、CAMEOを通じて継続的に改良および評価されています。Robettaの中核には、タンパク質の三次元構造の予測において、その速度と精度で知られるRoseTTAFold深層学習ベースの手法が採用されています。この先進技術により、研究者はタンパク質の機能や設計に関する洞察を得ることができます。
このサービスは、予測プロセスにおいてユーザーに大きな制御権を与えるインタラクティブなサブミッションインターフェースを提供します。これには、相同性モデリングのためのカスタム配列アラインメントの入力、予測をガイドするための制約条件の指定、ローカルフラグメントの組み込み能力が含まれます。これらの機能は、特定の実験条件や既知の構造要素に合わせて予測を調整するために不可欠です。
Robettaは、複雑なマルチチェーンタンパク質アセンブリのモデリングが可能です。これらの複雑な構造に対して、ユーザーはペア化された多重配列アラインメント（MSA）を提供してRoseTTAFoldを使用するか、比較モデリング（CM）を選択できます。CM手法は、PDB100テンプレートデータベースと共進化ベースのモデルデータベース（MDB）を利用し、さらにユーザーが独自のカスタムテンプレートを提供することも可能です。この柔軟性により、Robettaは幅広いモデリング課題に対応できます。
さらに、Robettaは大規模サンプリング機能を提供し、コンフォメーション空間のより徹底的な探索を可能にします。Robettaを支える計算リソースは、Baker labおよび分散コンピューティングプロジェクトRosetta@homeによって提供されています。ユーザーは、Rosetta@homeに参加することで、サービスの持続可能性と進歩に貢献し、その能力とリーチをさらに向上させることができます。
プラットフォームは定期的に更新されており、PDBテンプレートは2024年6月14日に最終更新されました。現在の統計によると、483件のジョブがキューに入っており、689件のアクティブなジョブがあり、233カ国から合計76,669人のユーザーが利用しています。このサービスは大きなエンゲージメントを得ており、先週は78人の新規ユーザーと79件の新規ジョブが提出されましたが、同期間に最終モデルは生成されていません。Robettaは、タンパク質の構造と機能の理解を目指す構造生物学者、生化学者、および関連分野の研究者にとって強力なツールです。
Robetta Protein Structure Predictionのハイライト
深層学習ベースのタンパク質構造予測
速度と精度を実現するRoseTTAFold手法
インタラクティブなサブミッションインターフェース
相同性モデリングのためのカスタム配列アラインメント
制約条件とローカルフラグメントのサポート
マルチチェーン複合体モデリング
比較モデリング（CM）オプション
PDB100テンプレートデータベースの利用
共進化ベースのモデルデータベース（MDB）
カスタムテンプレートのオプション
大規模サンプリング機能
Rosetta@homeによる分散コンピューティング
Robetta Protein Structure Predictionをはじめる
サービスへのアクセス：Robettaのウェブサイトにアクセスします。
入力の準備：タンパク質配列と、必要に応じてカスタムアラインメントまたはテンプレートを準備します。
ジョブの送信：インタラクティブなインターフェースを使用して、予測ジョブを設定し送信します。
進捗の監視：キューに入っているジョブとアクティブなジョブのステータスを追跡します。
結果の取得：予測されたタンパク質構造をダウンロードして分析します。
Robetta Protein Structure Predictionの使用例
- タンパク質構造予測
- 相同性モデリング
- 複合体アセンブリモデリング
- 創薬
- タンパク質工学
- 生化学研究
